2011.

Grid- 2011

 

01.12.11. k265n_a,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

25.12.11 htyrn_a,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

Grid- 2011.

 

01.10.2011 dimer5oi,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

Grid- 2011.

 

03.09.2011 dimer5oi,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

Grid- 2011.

 

05.08.2011 dimer5og,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

Grid- 2011.

 

01.07.11. k265n,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

Grid- 2011.

 

01.06.11. k265n,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

 

Grid- 2011.

 

10.05.11. k265n,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

Grid- 2011.

04.04.2011 MtTyrRS_otd,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

05.04.2011 MtTyrRS_atd,  150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

Grid- 2011.

10.03.11. k265n, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

Grid- 2011.

10.02.2011 MtTyrRS:AD, 150 mM NaCl, 310K, 10ns, GROMACS 4.5.3, IMBG cluster, , ..

Grid- 2011.

17.01.2011. MtTyrRS:AD, 150 mM NaCl, 310K, 10ns, GROMACS 4.5.3, ICYB SCIT-3 cluster, , ..

20.01.2011. MtTyrRS:AD, 150 mM NaCl, 310K, 100ns, GROMACS 4.5.3, ICYB SCIT-3 cluster, , ..

20.01.2011. MtTyrRS:AD, 150 mM NaCl, 310K, 100ns, GROMACS 4.5.3, KPI cluster, , ..

:

21.03.11. CAS, , . ..

2010.

Grid- 2010.

27.12.10. 1euj:a, 150 mM NaCl, 100ns, 298K, . .. .

06.12.10. 1euj:a, 150 mM NaCl, 100ns, 298K, . .. .

06.12.10. 1euj:a, 150 mM NaCl, 100ns, 315K, . .. .

02.12.10. 1euj:a, 150 mM NaCl, 100ns, 315K, . .. .

Grid- 2010.

28.11.10. 1euj:a, 150 mM NaCl, 100ns, 315K, . .. .

28.11.10. cyp2e1 in complex with hsp90, 310K, 5ns, NAMD2.7, , . ʳ ..

13.11.10. 2E1 full 2e1+membrane, 310K, 20ns, NAMD, , . ʳ ..

Grid- 2010.

28.10.10 model, g53a6 150 mM NaCl, 333 K, 12.5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

28.10.10 ala2ad-isma, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

28.10.10 pro2ad-isma, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

27.10.10. HsTyrRS-C-module (169 aa), AMBER-99SB-ILDN, 150 mM NaCl, 310 K, 100 ns, GROMACS 4.5.1, IMBG cluster, , ..

 

26.10.10. BtTyrRS-C-module+Sc-tRNA(Phe)-transcript complex (169 aa+76 nt), AMBER-99SB-ILDN, 150 mM NaCl, 310 K, 100 ns, GROMACS 4.5.1, KPI cluster, , ..

 

20.10.10. g_correlation (htyrn_wild, htyrn_g41r, htyrn_e196k, htyrn_del), 100 ns, . ..

 

16.10.10.  HsTyrRS+tRNA(Tyr), 150 mM NaCl, 310 K, 10 ns, GROMACS 4.5.1,  , ..

 

15.10.10. htyrn_wild, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

 

13.10.10 MT-ile, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2.5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

13.10.10 MT-leu, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2.5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

13.10.10 MT-nva, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2.5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

10.10.10 cp1-relax, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2.5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

 

03.10.10. MjTyrRS dimer+Mj-tRNA(Tyr)-transcript complex (2x306 aa+77 nt), AMBER-99SB-ILDN, 150 mM NaCl, 310 K, 100 ns, GROMACS 4.5.1, KPI cluster, , ..

 

Grid- 2010.

 

25.09.10. htyrn_del, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

14.09.10. 1euj:a _298k_100ns, 150 mM NaCl, . .. .

24.09.10. 1euj:a_310k_100ns, 150 mM NaCl, . .. .

24.09.10. 1flo _298k_100ns, 150 mM NaCl, . .. .

:

19.08.10 2E1 full + membrane, 0.15 M KCl, 310K, 20ns+1000mm, NAMD2.7, , . ʳ ..

3.08.10 Cyp2E1 in membrane, 310K, 0.15M KCl, 20ns, NAMD2.7, , . ʳ ..

3.06.10. 1E7Z_310k_1000ns, 150 mM NaCl, . .. .

2.06.10. htyrn_wild, htyrn_g41r, htyrn_e196k, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

Grid- 2010.

12.08.10. htyrn_wild, htyrn_g41r, htyrn_e196k, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

09.08.10 pyro-prot-trna Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

05.08.10 pyrocp1-nva10, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 10 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

05.08.10 pyrocp1-ile10, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 10 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

Grid- 2010.

02.07.10 pyrocp1-ile, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

02.07.10 pyrocp1-nva, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

09.07.10 pyr0cp1-leu, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

24.07.10 ile2aa, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

24.07.10 ile2aaf, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

23.07.10 nva2aa, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

24.07.10 nva2aaf, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

24.07.10 val2aa, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

31.07.10 ala2aa-isma, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 3 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

10.07.10. htyrn_wild, htyrn_g41r, htyrn_e196k, 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 100 ns, . ..

Grid- 2010.

10.06.10 leucp1, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

10.06.10 leucp1, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

14.06.10 f34nvcp1, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

14.06.10 ilecp1, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

17.06.10 f34ilcp1, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 5 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

Grid- 2010.

06.05.10 f34nv, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

07.05.10 v34nv, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

Grid- 2010.

24.04.10 f34il, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

28.04.10 v34il, Amber99, 150 mM NaCl, 333 K, 2 ns, GROMACS 4.0.7, 㳿 , ...

1 v34nv2, 㳿 . .

:

26.03.10 2E1+membrane100x100, 312K, 0.5ns, NAMD 2.7b2, , . ʳ ..

24.03.10 2e1f + POPC membrane, 150 KCl, 315K, 200 ps , NAMD, , . ʳ ..

Grid- 2010

1.sys1, 㳿 . .

:

9.03.10 Cyp2e1Full+membrana, 0.15 MNaCl, 315K, 10000 iterations, NAMD 2.7b2, , . ʳ ..

1.02.10 TyrRS B. taurus Homology model (2-45-1), 398K/310K, 100ns, . . .

1.02.10 1j1u, 310K, 10ns, . . .

20.01.10 TyrRS-tRNA(Tyr) M. jannaschii (2:1), 150 mM NaCl, 37oC (310 K), 1 ns, . ..

18.01.10 Human HSP90 dimer, 0.5 m KCl, 310K, 0.5ns, , . ʳ ..


                    2009 .

17.12.09 1E7Z, 150mM NaCl, 293 K, 200 ns, . .. .

1.10.09 Bos taurus TyrRS, 150 NaCl, 125C (398K), 20ns, . . .

1.10.09 Bos taurus TyrRS, 150 NaCl, 225C (498K), 20ns, . . .

1.10.09 LeuRS T. thermophilus val-1, val-2, 150 mM NaCl, 27C (300K), 60C (333K) , 㳿 . .

1.10.09 LeuRS T. thermophilus ile-1, ile-2, 150 mM NaCl, 27C (300 K), 㳿 . .

1.10.09 Quantum chemistry, 3' nucleotide residues, different basic sets + b3lyp, . ͳ .

1.10.09 10 21 , , . ʳ ..

30.09.09 Quantum chemistry, 1',3' nucleotide residues, . ͳ .

29.09.09 Quantum chemistry, cytidine nucleotides' mp2, mp2/6-311++g(d,p), (part5), . ͳ .

29.09.09 Quantum chemistry, cytidine nucleotides' mp2, mp2/6-311++g(d,p), (part4), . ͳ .

28.09.09 Quantum chemistry, cytidine nucleotides' mp2, mp2/6-311++g(d,p), (part3), o . ͳ .

28.09.09 Quantum chemistry, cytidine nucleotides' mp2, mp2/6-311++g(d,p), . ͳ .

27.09.09 Quantum chemistry, cytidine nucleotides' mp2, mp2/6-311++g(d,p), . ͳ .

24.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, 72_p180, b3lyp/6-31g(d,p), . ͳ .

23.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, conf_72_p180c2, . ͳ .

20.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, conf #220 (cont2), . ͳ .

18.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, conformer #72 (p180_cont), . ͳ .

18.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, .  ͳ .

16.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, . ͳ ..

14.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, . ͳ .

11.09.09 Amilin, 20 , .  ..

10.09.09 Conjugate gradient, Complex of LeuRS with leutrna T.THERMOPHILUS, NaCl, 37C (310K) 0,1 ns, 㳿 . .

09.09.09 Quantum mechanical, cytidine nucleotide, . ͳ .

08.09.09 .

26.08.09 .

16.08.09 Human Cyp 2e1 : (2*200 + 1,5), 4 (2) : (1,5), ..

28.06.09 TyrRS (259,14 ), 37oC (310 K), 100 , . .. 

15.06.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 100 , . ..   

01.06.09 ̳ TyrRS (Tyr341--Ile364, 24 ..), 37oC (310 K), 1000 , . ..

26.05.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 20 , . ..

20.05.09 TyrRS (59,14 ), 42oC (315 K), 10 , . I.

30.04.09   M. tuberculosis TyrRS  310K, 20 , . .

30.04.09 TyrRS (59,14 ), 39oC (312 K), 10 , . I.

30.04.09   M. tuberculosis TyrRS  310K, 20 , . .

10.04.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 10 , . I.

6.04.09-10.04.09  , .

01.04.09 TyrRS M. tuberculosis, . ..

30.03.09 ̳ TyrRS (Tyr341--Ile364, 24 ..), 177oC (450 K), 20, . ..

10.03.09 ̳ TyrRS (Tyr341--Ile364, 24 ..), 37oC (310 K), 20, . ..

19.02.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 3, . ..

15.02.09 Test_Job, , . ͳ .M.

13.02.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 20 , . ..

6.02.09 TyrRS (59,14 ), 37oC (310 K), 2 , . ..

01.02.09 - 05.02.09    0.5 3 RAID5 . .

0.01.09 - 31.01.09  modynsub_CLI, , .

01.01.09 - 07.01.09  .

 2008.

15.01. 31.01.2008. , RedHat, Fedora 8. 1.02.2008. . 

10.02.08 - TyrRS (310,315,320)  , . ..

10.02.08 - TyrRS 310 , . ..

11.02.08 - 321 , . ..

17.02.08 - TyrRS 321 , . ..

25.02.08 - (315,321,328), . ..

25.02.08 - TyrRS 283 , . ..

1.03.08  C- TyrRS, 310, . ..

1.03.08  C- TyrRS, 315, . ..

1.03.08  C- TyrRS, 321, . ..

1.03.08  C- TyrRS,328, . ..

14.03.08    N-   -TyrRS  , . ..

26.03.08    N- TyrRS, 310, . .. 

26.03.08    N- TyrRS, 315, . ..

26.03.08    N- TyrRS, 327, . ..

5.05.08 s--310-3, . . . 

5.05.08 -498-1-2, . . . 

5.05.08 -498-1-3, . . .

5.05.08 -498-1-4, . . .

5.05.08 _cont_315, . ..

5.05.08 -310-5-em , . . .

5.05.08 -310-4-em, . . .

5.05.08  _cont_310, . ..

5.05.08 _cont_327, . ..

15.05.08  _cont_327_grid, . ..

5.06.08 ...-vacuum-310-2, . . . 

5.06.08   -498-1-em,      .  . .

7.06.08 ...-vacuum-498-1, . . .   

15.06.08    N- TyrRS, 310, . ..

15.06.08    N- TyrRS, 315, . ..

15.06.08    N- TyrRS, 327, . ..

10.07.08  _cont_310, . .. 

10.07.08  _cont_315, . ..

10.07.08  _cont_327, . ..

4.08.08 TyrRS  --, , . ..

4.08.08 TyrRS --, , . ..

9.09.08 Avalanche__Gen_  grid 37oC, 20, . ..

11.09.08  M. tuberculosis TyrRS  37oC, 20 , . .

11.09.08 Human TyrRS dimer of N-module 37oC, 20 , . .

22.09.08 Human TyrRS - 37oC, 20 , . .

20.10. 10.11.2008.   .  11.10.2008. . 

1.12.08  TyrRS of M.tubeculosis, 37oC, 20 , .  ... 

20.12.08  TyrRS (239 ), 37oC, 0.5, . ͳ .M.

20.12.08 TyrRS (239 ), 37oC, 10, . ͳ .M.

20.12.08  TyrRS (239 ) mutant (G41R), 37oC, 0.5, . ͳ .M.

25.12.08  TyrRS (239 ) mutant (E196K), 37oC, 10, . ͳ .M.

                      2007.

22.04.07   - Bos taurus TyrRS, (55ºC), . . . 

26.04.07   - Bos taurus TyrRS, (37ºC , 42ºC) , . . .

03.05.07   TyrRS 60 225º, . . .

26.05.07   TyrRS 60, (37,42,55 ºC), . . .

15.06.07  ˳ TyrRS 1-3, . ..

13.07.07 - Bos taurus TyrRS, 37ºC , . . .

15.06.07 ˳ TyrRS 1-3 , . ..

1.08.07  , . . .

1.08.07   - Bos taurus, (37,42,55ºC)  , . . .

1.09.07  - Bos taurus, (37,42,55ºC)  , . . .

1.09.07 ˳ TyrRS 4,5, . ..

1.09.07 gmspbs, 쳿. . .

1.09.07 Mpi_c_gamess, 쳿. . .

10.10.07 C- TyrRS (pdb 1NTG) 27 , . . .

15.10.07  N- TyrRS Staphylococcus aureus27 , . . .

20.10.07  N- TyrRS 27 , . . .

20.10.07  TyrRS Bos taurus 25 C , .  . ͳ.

16.11.07  ++RNA(Tsunoda), 2DLS, , . ..

20.11.07 TyrRS ( 㳿 ), . . .

24.11.07 B.taurusTyrRS, . ..

28.11.07 TyrRS Bos taurus 25 C, . . .

30.11.07 TyrRS mod Rob9(10) 1ps, . ..

30.11.07  TyrRS Rob9(10) 1 ps, . ..

1.12.07  C-module 169 aa (PDB ID: 1NTG:A) 310 K, . . .

1.12.07 M. tuberculosis TyrRS model of N- 310 K, . . .

23.12.07 M. tuberculosis TyrRS model of N- 298 , .  ..